Performs common operations on DataMatrix objects.

# S4 method for DataMatrix,DataMatrix
Arith(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,numeric
Arith(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,logical
Arith(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,DataMatrix
Compare(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,numeric
Compare(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,DataMatrix
Logic(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,numeric
Logic(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,logical
Logic(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix
Math(x)

# S4 method for DataMatrix
Math2(x, digits)

# S4 method for DataMatrix
Summary(x, ..., na.rm = FALSE)

Arguments

x, e1, e2

An object (typically a DataMatrix object).

digits

A numeric value giving number of digits to be used in round or signif.

...

Further arguments passed to or from methods.

na.rm

A logical scalar: should missing values be removed?

Group Generics

DataMatrix objects have support for S4 group generic functionality to operate within elements across objects:

Arith

"+", "-", "*", "^", "%%", "%/%", "/"

Compare

"==", ">", "<", "!=", "<=", ">="

Logic

"&", "|"

Ops

"Arith", "Compare", "Logic"

Math

"abs", "sign", "sqrt", "ceiling", "floor", "trunc", "cummax", "cummin", "cumprod", "cumsum", "log", "log10", "log2", "log1p", "acos", "acosh", "asin", "asinh", "atan", "atanh", "exp", "expm1", "cos", "cosh", "cospi", "sin", "sinh", "sinpi", "tan", "tanh", "tanpi", "gamma", "lgamma", "digamma", "trigamma"

Math2

"round", "signif"

Summary

"min", "max", "range", "prod", "sum", "any", "all"

Author

N. Frerebeau

Examples

## Create count data matrix A <- CountMatrix(data = sample(0:10, 100, TRUE), nrow = 20, ncol = 5) B <- CountMatrix(data = sample(0:10, 100, TRUE), nrow = 20, ncol = 5) ## Arith A + B
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 17 1 13 11 11 #> row2 12 10 3 11 2 #> row3 3 6 9 18 9 #> row4 5 7 4 0 0 #> row5 11 15 4 11 11 #> row6 8 11 15 12 11 #> row7 2 13 3 16 8 #> row8 14 15 5 3 8 #> row9 14 19 12 17 5 #> row10 2 14 9 4 14 #> row11 9 16 8 18 16 #> row12 12 7 13 7 4 #> row13 11 12 19 17 16 #> row14 5 16 6 13 10 #> row15 12 17 13 4 2 #> row16 13 5 10 11 16 #> row17 16 11 14 4 11 #> row18 8 7 6 16 5 #> row19 11 12 15 14 19 #> row20 20 17 8 2 8
A * 2
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 16 0 18 6 14 #> row2 14 16 0 2 0 #> row3 0 12 12 18 16 #> row4 4 4 6 0 0 #> row5 12 14 8 4 16 #> row6 6 12 10 6 18 #> row7 0 16 2 20 2 #> row8 18 18 8 4 16 #> row9 8 20 4 14 0 #> row10 0 20 6 4 10 #> row11 0 18 2 20 16 #> row12 18 4 18 14 2 #> row13 12 8 20 16 16 #> row14 10 12 12 10 18 #> row15 16 18 14 2 4 #> row16 14 2 6 2 18 #> row17 14 8 10 6 14 #> row18 16 14 6 20 6 #> row19 10 10 14 20 18 #> row20 20 16 12 0 0
A ^ 2
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 64 0 81 9 49 #> row2 49 64 0 1 0 #> row3 0 36 36 81 64 #> row4 4 4 9 0 0 #> row5 36 49 16 4 64 #> row6 9 36 25 9 81 #> row7 0 64 1 100 1 #> row8 81 81 16 4 64 #> row9 16 100 4 49 0 #> row10 0 100 9 4 25 #> row11 0 81 1 100 64 #> row12 81 4 81 49 1 #> row13 36 16 100 64 64 #> row14 25 36 36 25 81 #> row15 64 81 49 1 4 #> row16 49 1 9 1 81 #> row17 49 16 25 9 49 #> row18 64 49 9 100 9 #> row19 25 25 49 100 81 #> row20 100 64 36 0 0
## Compare A == B
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row3 FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> row4 FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE #> row5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row6 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row7 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row8 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row9 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row10 FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> row11 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE #> row12 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row13 FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE #> row14 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row15 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row16 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row17 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row18 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE #> row19 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row20 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
A != B
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row2 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row3 TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE #> row4 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> row5 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row7 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row8 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row9 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row10 TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE #> row11 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> row12 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row13 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> row14 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row15 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row16 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row17 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row18 TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE #> row19 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row20 FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE
A > 5
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE #> row2 TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE #> row3 FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row4 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row5 TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE #> row6 FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE #> row7 FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> row8 TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE #> row9 FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> row10 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> row11 FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE #> row12 TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE #> row13 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE #> row14 FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE #> row15 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> row16 TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE #> row17 TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE #> row18 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE #> row19 FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> row20 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
A < 5
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> row2 FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> row3 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row4 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row5 FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE #> row6 TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE #> row7 TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE #> row8 FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE #> row9 TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE #> row10 TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE #> row11 TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE #> row12 FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE #> row13 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> row14 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row15 FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE #> row16 FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE #> row17 FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> row18 FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE #> row19 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row20 FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE
A <= 10
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row2 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row3 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row4 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row5 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row7 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row8 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row9 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row10 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row11 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row12 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row13 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row14 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row15 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row16 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row17 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row18 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row19 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row20 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
A >= 10
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row2 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row3 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row4 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row5 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row6 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row7 FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> row8 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row9 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> row10 FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> row11 FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> row12 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row13 FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE #> row14 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row15 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row16 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row17 FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> row18 FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> row19 FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> row20 TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
## Logic A & B
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE #> row2 TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE #> row3 FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> row4 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> row5 TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE #> row6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row7 FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row8 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> row9 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> row10 FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row11 FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row12 TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE #> row13 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row14 FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE #> row15 TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> row16 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row17 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row18 FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> row19 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row20 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
A | B
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row2 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row3 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row4 TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> row5 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row6 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row7 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row8 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row9 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row10 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row11 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row12 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row13 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row14 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row15 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row16 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row17 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row18 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row19 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> row20 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
## Math sqrt(A)
#> col1 col2 col3 col4 col5 #> row1 2.828427 0.000000 3.000000 1.732051 2.645751 #> row2 2.645751 2.828427 0.000000 1.000000 0.000000 #> row3 0.000000 2.449490 2.449490 3.000000 2.828427 #> row4 1.414214 1.414214 1.732051 0.000000 0.000000 #> row5 2.449490 2.645751 2.000000 1.414214 2.828427 #> row6 1.732051 2.449490 2.236068 1.732051 3.000000 #> row7 0.000000 2.828427 1.000000 3.162278 1.000000 #> row8 3.000000 3.000000 2.000000 1.414214 2.828427 #> row9 2.000000 3.162278 1.414214 2.645751 0.000000 #> row10 0.000000 3.162278 1.732051 1.414214 2.236068 #> row11 0.000000 3.000000 1.000000 3.162278 2.828427 #> row12 3.000000 1.414214 3.000000 2.645751 1.000000 #> row13 2.449490 2.000000 3.162278 2.828427 2.828427 #> row14 2.236068 2.449490 2.449490 2.236068 3.000000 #> row15 2.828427 3.000000 2.645751 1.000000 1.414214 #> row16 2.645751 1.000000 1.732051 1.000000 3.000000 #> row17 2.645751 2.000000 2.236068 1.732051 2.645751 #> row18 2.828427 2.645751 1.732051 3.162278 1.732051 #> row19 2.236068 2.236068 2.645751 3.162278 3.000000 #> row20 3.162278 2.828427 2.449490 0.000000 0.000000
## Summary max(A)
#> [1] 10
min(A)
#> [1] 0
#> [1] 0 10
prod(A)
#> [1] 0
sum(A)
#> [1] 515
any(A)
#> [1] TRUE
all(A)
#> [1] FALSE