Performs common operations on DataMatrix objects.

# S4 method for DataMatrix,DataMatrix
Arith(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,numeric
Arith(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,DataMatrix
Compare(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,numeric
Compare(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,DataMatrix
Logic(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,numeric
Logic(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix,logical
Logic(e1, e2)

# S4 method for DataMatrix
Summary(x, na.rm = FALSE)

Arguments

x, e1, e2

An object (typically a DataMatrix object).

na.rm

A logical scalar: should missing values (including NaN) be omitted from the calculations?

Group Generics

DataMatrix objects have support for S4 group generic functionality to operate within elements across objects:

Arith

"+", "-", "*", "^", "%%", "%/%", "/"

Compare

"==", ">", "<", "!=", "<=", ">="

Logic

"&", "|"

Ops

"Arith", "Compare", "Logic"

Summary

"min", "max", "range", "prod", "sum", "any", "all"

Other Methods

rowAll and colAll

Check if all values are TRUE according to a given predicate.

rowAny and colAny

Check if some values are TRUE according to a given predicate.

rowCount and colCount

Count values in rows or columns according to a given predicate.

Examples

## Create count data matrix A <- matrix(data = sample(0:10, 100, TRUE), nrow = 20, ncol = 5) B <- matrix(data = sample(0:10, 100, TRUE), nrow = 20, ncol = 5) ## Compare A == B
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [2,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [3,] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> [4,] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE #> [5,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [6,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [7,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [8,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [9,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [10,] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> [11,] FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE #> [12,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [13,] FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE #> [14,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [15,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [16,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [17,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [18,] FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE #> [19,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [20,] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
A != B
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [2,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [3,] TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE #> [4,] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> [5,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [6,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [7,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [8,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [9,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [10,] TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE #> [11,] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> [12,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [13,] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> [14,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [15,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [16,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [17,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [18,] TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE #> [19,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [20,] FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE
A > 5
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE #> [2,] TRUE TRUE FALSE FALSE FALSE #> [3,] FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [4,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [5,] TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE #> [6,] FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE #> [7,] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> [8,] TRUE TRUE FALSE FALSE TRUE #> [9,] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> [10,] FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> [11,] FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE #> [12,] TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE #> [13,] TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE #> [14,] FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE #> [15,] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> [16,] TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE #> [17,] TRUE FALSE FALSE FALSE TRUE #> [18,] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE #> [19,] FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> [20,] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
A < 5
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> [2,] FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> [3,] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [4,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [5,] FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE #> [6,] TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE #> [7,] TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE #> [8,] FALSE FALSE TRUE TRUE FALSE #> [9,] TRUE FALSE TRUE FALSE TRUE #> [10,] TRUE FALSE TRUE TRUE FALSE #> [11,] TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE #> [12,] FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE #> [13,] FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> [14,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [15,] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE #> [16,] FALSE TRUE TRUE TRUE FALSE #> [17,] FALSE TRUE FALSE TRUE FALSE #> [18,] FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE #> [19,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [20,] FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE
A <= 10
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [2,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [3,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [4,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [5,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [6,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [7,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [8,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [9,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [10,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [11,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [12,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [13,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [14,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [15,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [16,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [17,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [18,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [19,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [20,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
A >= 10
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [2,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [3,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [4,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [5,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [6,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [7,] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> [8,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [9,] FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> [10,] FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE #> [11,] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> [12,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [13,] FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE #> [14,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [15,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [16,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [17,] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE #> [18,] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> [19,] FALSE FALSE FALSE TRUE FALSE #> [20,] TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE
## Arith A + B
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] 17 1 13 11 11 #> [2,] 12 10 3 11 2 #> [3,] 3 6 9 18 9 #> [4,] 5 7 4 0 0 #> [5,] 11 15 4 11 11 #> [6,] 8 11 15 12 11 #> [7,] 2 13 3 16 8 #> [8,] 14 15 5 3 8 #> [9,] 14 19 12 17 5 #> [10,] 2 14 9 4 14 #> [11,] 9 16 8 18 16 #> [12,] 12 7 13 7 4 #> [13,] 11 12 19 17 16 #> [14,] 5 16 6 13 10 #> [15,] 12 17 13 4 2 #> [16,] 13 5 10 11 16 #> [17,] 16 11 14 4 11 #> [18,] 8 7 6 16 5 #> [19,] 11 12 15 14 19 #> [20,] 20 17 8 2 8
A * 2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] 16 0 18 6 14 #> [2,] 14 16 0 2 0 #> [3,] 0 12 12 18 16 #> [4,] 4 4 6 0 0 #> [5,] 12 14 8 4 16 #> [6,] 6 12 10 6 18 #> [7,] 0 16 2 20 2 #> [8,] 18 18 8 4 16 #> [9,] 8 20 4 14 0 #> [10,] 0 20 6 4 10 #> [11,] 0 18 2 20 16 #> [12,] 18 4 18 14 2 #> [13,] 12 8 20 16 16 #> [14,] 10 12 12 10 18 #> [15,] 16 18 14 2 4 #> [16,] 14 2 6 2 18 #> [17,] 14 8 10 6 14 #> [18,] 16 14 6 20 6 #> [19,] 10 10 14 20 18 #> [20,] 20 16 12 0 0
A ^ 2
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] 64 0 81 9 49 #> [2,] 49 64 0 1 0 #> [3,] 0 36 36 81 64 #> [4,] 4 4 9 0 0 #> [5,] 36 49 16 4 64 #> [6,] 9 36 25 9 81 #> [7,] 0 64 1 100 1 #> [8,] 81 81 16 4 64 #> [9,] 16 100 4 49 0 #> [10,] 0 100 9 4 25 #> [11,] 0 81 1 100 64 #> [12,] 81 4 81 49 1 #> [13,] 36 16 100 64 64 #> [14,] 25 36 36 25 81 #> [15,] 64 81 49 1 4 #> [16,] 49 1 9 1 81 #> [17,] 49 16 25 9 49 #> [18,] 64 49 9 100 9 #> [19,] 25 25 49 100 81 #> [20,] 100 64 36 0 0
## Summary max(A)
#> [1] 10
min(A)
#> [1] 0
#> [1] 0 10
prod(A)
#> [1] 0
sum(A)
#> [1] 515
any(A)
#> [1] TRUE
all(A)
#> [1] FALSE
## Logic A & B
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] TRUE FALSE TRUE TRUE TRUE #> [2,] TRUE TRUE FALSE TRUE FALSE #> [3,] FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> [4,] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> [5,] TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE #> [6,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [7,] FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [8,] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> [9,] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> [10,] FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [11,] FALSE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [12,] TRUE TRUE TRUE FALSE TRUE #> [13,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [14,] FALSE TRUE FALSE TRUE TRUE #> [15,] TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE #> [16,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [17,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [18,] FALSE FALSE TRUE TRUE TRUE #> [19,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [20,] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE
A | B
#> [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] #> [1,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [2,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [3,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [4,] TRUE TRUE TRUE FALSE FALSE #> [5,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [6,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [7,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [8,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [9,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [10,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [11,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [12,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [13,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [14,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [15,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [16,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [17,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [18,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [19,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE #> [20,] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE